Ο αρχαιολογικός χώρος της Ζάκρου βρίσκεται 500 μ. από τον παράλιο οικισμό της Κάτω Ζάκρου, που απέχει 9 χλμ. από το χωριό Πάνω Ζάκρος και 45 χλμ. από τη Σητεία.
Πρώτες ανασκαφές στο χώρο έγιναν στα τέλη του περασμένου αιώνα από τους Ιταλούς αρχαιολόγους Halbherr και Mariani. Συστηματικές ανασκαφές όμως έγιναν αργότερα από τον Άγγλο P. Gogarth, διευθυντή της αγγλικής αρχαιολογικής σχολής των Αθηνών, που αποκάλυψε τμήμα της αρχαίας πόλης, δηλ. δώδεκα σπίτια της υστερομινωικής περιόδου που έκρυβαν αξιόλογους θησαυρούς.
Η τυχαία ανεύρεση χρυσών νομισμάτων και ενός ξίφους δίνουν την αφορμή στην αρχαιολογική σκαπάνη να αρχίσει πάλι το έργο της. Ο έφορος αρχαιοτήτων Ν. Πλάτων, γνώστης και μελετητής του μινωικού πολιτισμού αρχίζει το ανασκαφικό του έργο, που γνωρίζει λαμπρή επιτυχία. Αποκαλύπτεται ένα νέο μινωικό ανάκτορο, το τέταρτο στην Κρήτη, μετά το ανάκτορο της Κνωσού, της Φαιστού και των Μαλλίων, που αν και μικρότερο έδωσε περισσότερα από 10.000 αντικείμενα εξαιρετικής τέχνης, πολλά από τα οποία χαρακτηρίζονται ως «βασιλικά». Τα ευρήματα αυτά εκτίθενται σήμερα σε ειδικά διαμορφωμένη αίθουσα του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου.
